Tijdens de implementatie van het softwarepakket SAP bij het ministerie van Onderwijs, Cultuur en Wetenschap is een specialist van SubsidieCenter interim hoofd FTZ beheer geweest. SubsidieCenter was in deze functie verantwoordelijk voor de uitvoering van het financiële beheer en de bekostiging. Verder is SubsidieCenter in deze functie betrokken geweest bij de implementatie van het SAP opleidingstraject.